天然錳砂濾料除鐵除錳的原理有二種：一種是以所謂濾膜的作用，錳砂表面有一層較強的氧化作用。另一種是錳礦砂本身的催化作用，將水中的二價鐵催化成三價鐵，再把三價鐵吸附在錳礦砂顆粒表面從而起到除鐵除錳的目的.天然二氧化錳能氧化水中二價鐵為三價鐵使其沉淀除去，使水清凈。二氧化錳被水中的溶解氧氧化成七價錳的氧化物。七價錳再將水中的二價鐵氧化成三價鐵。 天然錳礦砂是一種很強的氧化劑，能對水中股價鐵起氧化作用。

       錳砂濾料在過濾的時候也會因很多因素影響它的過濾效果，因素除外還有錳砂濾料粒徑的選擇也可以直接影響過濾后的水質。在使用過程中錳砂濾料粒徑過大時濾料間孔隙大，過濾時雜質穿透深度大，容易穿透濾層，影響出水水質；反洗時，只有較大的反洗強度才能松動濾層，否則會影響反洗效果。反洗不徹底，會留下許多隱患，如泥渣殘留在濾層，殘留泥渣結塊，影響過濾時水流的均勻性。錳砂濾料粒徑過小時，濾料間孔隙小。過濾時影響雜質穿透深度，增加水流阻力，造成水頭損失增加過快，出力下降等。錳砂濾料粒徑過小時，濾料間孔隙小。過濾時影響雜質穿透深度，增加水流阻力，造成水頭損失增加過快，出水質量下降等。

       因此天然錳砂濾料的使用周期關鍵還在原水濁度和出水量而定，在濾池中包括錳砂濾料在內的各種濾料都像蓄電池一樣越用越少。因為錳砂濾料隨著工作時間的延長處理的水越來越大，它自身除鐵除錳的效果就會越來越差，所以在使用濾料的過程中要注意反沖洗和保養。